MADRE_HOME = ../..
include $(MADRE_HOME)/local.mk
INC_DIR = $(MADRE_HOME)/include
COMPILE = $(COMPILER) -c -I$(INC_DIR)
LINK = $(LINKER)
CC = mpicc -pedantic -I$(INC_DIR)

all: contigBred.o setup_indices.o BlkMeta.o

contigBred.o: $(INC_DIR)/madre.h $(INC_DIR)/util.h $(INC_DIR)/contigBred.h contigBred.c
	$(COMPILE) contigBred.c	

setup_indices.o: $(INC_DIR)/madre.h setup_indices.c
	$(COMPILE) setup_indices.c

BlkMeta.o: $(INC_DIR)/madre.h BlkMeta.c
	$(COMPILE) BlkMeta.c

unitTest: setup_indices.o BlkMeta.o contigBred.o
	$(LINK) -o contigBred setup_indices.o BlkMeta.o contigBred.o \
          $(MADRE_HOME)/src/util/bman.o \
          $(MADRE_HOME)/src/util/common.o \
          $(MADRE_HOME)/src/util/lred.o \
          $(MADRE_HOME)/src/util/mem.o \
          $(MADRE_HOME)/src/util/util.o
clean: 
	rm -f *.o

